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PICRUSt2 es una herramienta bioinformática desarrollada para predecir el potencial funcional de una comunidad microbiana utilizando perfiles de secuenciación de genes marcadores, como el 16S rRNA, ITS, 18S rRNA u otros genes marcadores. Es una versión mejorada de su predecesor, PICRUSt1.
Una limitación de la secuenciación de genes marcadores de comunidades microbianas como el 16S rRNA, ITS u otros es que no proporciona información sobre el potencial funcional de las comunidades muestreadas, esto porque los perfiles funcionales no pueden identificarse directamente utilizando datos de secuencias de genes marcadores. En 2013 se desarrolló PICRUSt1 para predecir el potencial funcional de una comunidad microbiana basándose en perfiles de secuenciación de genes marcadores. Posteriormente surgió la versión mejorada llamada PICRUSt2, la cual contiene una base de datos actualizada y más grande de familias de genes y genomas de referencia. PICRUSt2 también permite la adición de bases de datos de referencia personalizadas.
PICRUSt2 utiliza un árbol filogenético de referencia para mapear las secuencias de genes a grupos taxonómicos, y así predecir las funciones y luego estimar la abundancia relativa de funciones génicas utilizando modelos estadísticos. Este árbol filogenético contiene tanto genomas de referencia como organismos muestreados ambientalmente. Esta herramienta es útil para estudiar la función metabólica de comunidades microbianas en diferentes entornos, como el suelo, el agua, el tracto digestivo humano, entre otros.
Objetivo
Este webinar tiene como objetivo que los asistentes adquieran habilidades prácticas y un conocimiento indispensable para familiarizarse con la herramienta bioinformática PICRUSt2, incluyendo sus funcionalidades y flujo de trabajo para la predicción de funciones metabólicas a partir de datos de secuenciación de amplicones en QIIME 2 y en linux.
Público a quien va dirigido
Este webinar está diseñado para investigadores, estudiantes de posgrado y profesionistas que deseen adquirir conocimientos y habilidades en el análisis de datos secuenciación de amplicones para realizar predicciones de funciones metabólicas en comunidades microbianas a partir de estas secuencias del 16S rRNA en diversos entornos, como el suelo, el agua, el intestino humano, la agricultura y la ecología, para comprender mejor las capacidades metabólicas de estas comunidades.
Si ya tienes conocimientos de línea de comandos y están familiarizado con el uso de plugins básicos de QIIME 2 y deseas dar un paso adelante y expandir tus habilidades de análisis de datos de secuenciación masiva este webinar es para ti, ya que te proporcionará las herramientas y el conocimiento necesarios para realizar análisis más detallados y específicos para tu investigación de microbioma a través del análisis de secuencias del 16S rRNA y su potencial metabólico.
¿Qué verás en este webinar?
- ¿Qué es PICRUSt2?
- Instalación de PICRUSt2 fuera de QIIME 2 (standalone)
- Línea de código de PICRUSt2 fuera de QIIME 2 (standalone)
- Visualización de datos de PICRUSt2
Se realizarán ejercicios prácticos para consolidar los conocimientos adquiridos y desarrollar habilidades en el uso de PICRUSt2 para el análisis de datos de microbioma, incluyendo la identificación de funciones metabólicas relevantes.
Requisitos
Para este curso es indispensable que ya tengas conocimientos previos de línea de comandos y de programación en R.
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