Análisis reproducible de secuencias del gen 16S rRNA
Inversión: $1,800 (mil ochocientos pesos mexicanos)
El curso QIIME 2 para principiantes ofrece una introducción práctica al análisis bioinformático de microbiomas mediante secuencias del gen 16S rRNA.
A lo largo del curso, las personas participantes aprenderán a utilizar la línea de comandos, gestionar ambientes de software con conda, instalar QIIME 2 en su propio equipo y ejecutar un flujo de trabajo básico, reproducible y trazable. El proceso comprende la preparación e importación de datos, la evaluación de la calidad de las secuencias, la inferencia de variantes de secuencia de amplicón, la asignación taxonómica y el análisis de diversidad.
Los ejercicios se realizan con una base de datos didáctica de tamaño reducido, diseñada para facilitar el aprendizaje sin requerir infraestructura de cómputo de alto rendimiento.
¿A quién está dirigido?
El curso está dirigido a estudiantes, profesionales, docentes e investigadores de las ciencias biológicas, ambientales, agropecuarias, biomédicas y áreas afines que desean iniciarse en el análisis bioinformático de microbiomas con QIIME 2.
No se requiere experiencia previa con QIIME 2 ni con la línea de comandos. El curso comienza con conceptos básicos de Unix y gestión de ambientes con conda.
Contenido del curso
El programa se organiza en cinco módulos:
Módulo 1. Básicos de Unix, conda e instalación de QIIME 2
Sistemas de archivos, comandos básicos, buenas prácticas en terminal, gestión de ambientes e instalación de QIIME 2.
Módulo 2. Introducción a QIIME 2 y preparación de datos
Conceptos básicos, sintaxis, secuencias y metadatos, importación, fundamentos de Illumina, evaluación de calidad y eliminación de primers y adaptadores.
Módulo 3. Inferencia de ASVs con DADA2
Conceptos de OTUs y ASVs, parámetros de DADA2, generación de tablas de frecuencias y secuencias representativas.
Módulo 4. Asignación taxonómica y análisis diferencial de abundancia
Uso de bases de datos de referencia, clasificación taxonómica, filtrado de organelos, exportación de resultados y análisis con ANCOM.
Módulo 5. Diversidad alfa y beta
Rarefacción, filodiversidad, construcción de árboles filogenéticos, comparación de diversidad alfa y análisis de diversidad beta.
Aquí puedes ver el temario completo
Modalidad y materiales incluidos
- Modalidad en línea y asincrónica.
- Duración estimada de 20 horas.
- Acceso a videos y materiales durante 3 meses.
- Manual digital con acceso permanente.
- Ejercicios prácticos con una base de datos didáctica.
- Sesiones mensuales de resolución de preguntas relacionadas con los contenidos y ejercicios del curso.
Las preguntas para las sesiones mensuales se envían mediante un formulario, son revisadas y seleccionadas por Microbioma Lab y se responden durante sesiones por Zoom. Las sesiones son grabadas y publicadas en el canal de YouTube de Microbioma Lab.
Requisitos técnicos
Para instalar QIIME 2 y realizar los ejercicios se requiere:
- Windows 10 u 11 de 64 bits con WSL2 habilitado.
- Procesador Intel Core i5 o equivalente.
- 16 GB de memoria RAM.
- 50 GB de almacenamiento disponible.
- Conexión estable a internet.
- Permisos para habilitar WSL2 e instalar software.
Estos requisitos están dimensionados para trabajar con la base de datos didáctica del curso. El procesamiento de proyectos reales de mayor tamaño puede requerir más memoria, almacenamiento y capacidad de cómputo. El curso no incluye configuración ni operación de servidores, clústeres HPC o plataformas en la nube.
Inscripción
Completa el formulario de inscripción:
https://forms.gle/gyse1jLRRKYeCDrVA
Para dudas sobre inscripción, facturación o acceso:
Correo: ventas@microbioma-lab.com
Teléfono: 246 179 2564
Sitio web: www.microbioma-lab.com
Algunas opiniones de las personas que han tomado el curso
«Me gusto mucho la organización, el material que nos proporcionaron y la capacidad de explicar los temas de las diferentes doctoras»
«La explicación fue sencilla y el seguimiento paso a paso»
«La explicación de los fundamentos de asignación taxonómica, el material claro y la buena disposición y actitud de las ponentes»
Lo que más ha gustado del curso a los asistentes
«Paciencia, conocimiento y fluidez del curso»
«La forma de explicar los conceptos desde lo mas básico hasta lo mas complejo»
«El partir de cero y explicar todo con ejemplos que se pueden entender fácilmente»
«La explicación de la diversidad, la introducción a la terminal y las practicas del flujo de trabajo.»
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