QIIME 2 MOVING PICTURES TUTORIAL en español construye tabla de frecuencias con Deblur

Una vez realizado el demultiplexing de las secuencias, es decir, asociar el barcode con las secuencias de la muestra correspondiente, es necesario desreplicar en ASVs y obtener las secuencias representativas así como la tabla de frecuencias, en QIIME 2 se puede hacer con dos opciones: dada2 o Deblur.

Si te interesa hacerlo con Dada2, da click aquí, para hacerlo con Deblur continúa leyendo

Lo primero es realizar un filtro de calidad, el cual para deblur se hace en dos pasos

-Para el primer paso copiamos y pegamos la caja del plugin en la terminal, 

La primera opción es para el archivo de entrada y las siguientes opciones para los archivos de salida.

Una vez generados los archivos, los vemos tanto en la terminal como en el finder, vamos al siguiente paso

-Copia la caja de comandos del plugin que contiene las siguientes opciones

La primera es para indicar el archivo de entrada, el cual proviene del paso que acabamos de hacer

Después, esta opción le indica al plugin en qué posición debe truncar las secuencias

Y las opciones para los archivos de salida: las secuencias representativas, la tabla de frecuencias y el resumen de las estadísticas por muestra

-Posteriormente hay que transformar algunos de los archivos de salida al formato de visualización con la extensión .qzv, para ello:

Copiamos y pegamos en la terminal la caja que contiene los plugins. 

El primer plugin genera el archivo .qzv para visualizar el resumen de las estadísticas de lo que hicimos en el primer paso que fue un filtrado basado en scores de calidad, la primera opción indica el archivo de entrada que corresponde al primero que generamos al inicio del video y la siguiente opción es para el archivo de salida. 

El siguiente plugin genera el archivo .qzv para visualizar los resultados de las estadísticas de deblur, la primera opción indica el archivo de entrada que corresponde al que se generó con el plugin qiime deblur denoise16S, seguido de la opción del archivo de salida. Damos enter

Una vez que los archivos de visualización se han generado, los podemos abrir en qiime2 View, en este caso los vamos a ver directamente desde el sitio web del tutorial, pero no olvides que puedes ver los que se generaron en tu computadora ya que son los mismos.

-damos click en el archivo del filtrado de calidad y vemos una tabla, donde la primer columna corresponde al nombre de las muestras, seguido del total de secuencias que ingresaron por muestra al filtrado, la siguiente columna representa el total de lecturas que se retuvieron después del filtrado de calidad, la cuarta columna representa las lecturas truncadas, la quinta columna son las lecturas que son demasiado cortas después del truncado y la última columna indica las lecturas que exceden el número máximo de bases ambiguas

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-vamos a ver el segundo archivo de visualización generado que contiene las estadísticas de la desreplicación con deblur. Damos click en el enlace y vemos una tabla, en la primer columna está el número de muestra, la segunda contiene el código de identificación de la muestra, la siguiente columna contiene el número de lecturas que ingresaron a deblur, también vemos las lecturas después de la desreplicación, si tienes dudas del significado de ésta última palabra, suscríbete a este canal, síguenos en nuestras redes sociales y checa el video que te dejamos en la tarjeta.

Puedes mover el cursor sobre el título de cada columna para saber la descripción de los datos que proporciona deblur en esta tabla.

Regresamos a la página del tutorial, y vemos que para continuar con los siguientes pasos, es necesario renombrar los archivos de las secuencias representativas y la tabla de frecuencias, generados por deblur, en caso de que quieras utilizar éstos archivos en lugar de los generados con dada2

Lo podemos hacer con el comando de linux move. En la sintaxis de este comando indicamos primero el archivo que queremos renombrar y separado por un espacio el nuevo nombre que vamos a asignar.

Copiamos y pegamos las instrucciones en la terminal y damos enter

-Hacemos un listado con ls y vemos que ya tenemos los dos archivos renombrados en la carpeta de qiime2

Si estás comenzando en bioinformática, te invitamos a revisar nuestra lista de reproducción de comandos básicos de Linux en you tube, no olvides comentarnos tus dudas y seguirnos en nuestras redes sociales.

En el siguiente video puedes ver lo que te hemos descrito anteriormente.